Tras la firma del famoso Tratado de Almizra en 1244, y a raíz de la conquista de Jaime I, la comunidad islámica, fundadora del núcleo de población más antiguo de Orxeta, es sometida, y sus tierras y alquerías pasan a ser controladas por la poderosa Orden religiosa y militar de Santiago, con sede en Uclés (Cuenca).
Precisamente, este gran edificio corresponde a la antigua Casa palacio del comendador de la Orden de Santiago, que administró el señorío de Orxeta desde los siglos medievales hasta el siglo XIX. Contamos con antiguos documentos históricos que así lo atestiguan, si bien el inmueble, en su conjunto, ha sufrido importantes remodelaciones con el paso del tiempo, con la lamentable pérdida de valiosos elementos arquitectónicos y artísticos.
Por otra parte, las bodegas del cuerpo principal del edificio, realizadas con bóvedas de mampostería, se habilitaron como espacios carcelarios durante el Antiguo Régimen, testimonio de lo cual aún restan algunos grafitos realizados por los propios presos en sus paredes, datados hacia el siglo XVIII.